El parque de viviendas de Villayerno Morquillas, compuesto por unas 106 unidades, presenta una tipología mixta. Predominan las viviendas unifamiliares, tanto en el núcleo rural tradicional como en construcciones más recientes. Las viviendas construidas antes de la entrada en vigor del CTE en 2006 suelen obtener calificaciones entre la E y la G, debido principalmente a la falta de aislamiento en muros de piedra o ladrillo visto y a ventanas de vidrio sencillo. Por el contrario, las rehabilitaciones recientes y obra nueva pueden alcanzar niveles C o B al incorporar calderas de biomasa o aerotermia, sistemas muy eficientes en el clima de Burgos. Para mejorar la letra en esta zona, las intervenciones más efectivas suelen ser el trasdosado de fachadas y la sustitución de carpinterías por sistemas con rotura de puente térmico.
No disponer del certificado energético en Villayerno Morquillas cuando es legalmente exigible puede acarrear multas importantes según la Ley 8/2013 de rehabilitación, regeneración y renovación urbanas. Las sanciones se dividen en tres categorías: leves (300€ a 600€) por no incluir la calificación en anuncios; graves (601€ a 1.000€) por vender o alquilar sin entregar el certificado; y muy graves (1.001€ a 6.000€) por falsear la información. En una localidad de carácter residencial y rural como esta, el control de los portales inmobiliarios es el principal foco de detección de estas infracciones. Además, el comprador podría demandar al vendedor por vicios ocultos si la eficiencia real difiere drásticamente de la informada.